第一，只有國(guó)內(nèi)旅客運(yùn)輸服務(wù)才可以抵扣進(jìn)項(xiàng)稅。國(guó)際運(yùn)輸適用零稅率或免稅，上環(huán)節(jié)運(yùn)輸企業(yè)提供的國(guó)際運(yùn)輸未繳納增值稅，也就不存在下環(huán)節(jié)進(jìn)項(xiàng)抵扣的問題。
第二，除增值稅專用發(fā)票和電子普通發(fā)票外，其他的旅客運(yùn)輸扣稅憑證，都必須是注明旅客身份信息的票證才可以計(jì)算抵扣進(jìn)項(xiàng)稅，納稅人手寫無(wú)效。
第三，航空運(yùn)輸?shù)碾娮涌推毙谐虇紊系膬r(jià)款是分項(xiàng)列示的，包括票價(jià)、燃油附加費(fèi)和民航發(fā)展基金。因民航發(fā)展基金屬于政府性基金，不計(jì)入航空企業(yè)的銷售收入。因此計(jì)算抵扣的基礎(chǔ)是票價(jià)加燃油附加費(fèi)。
第四，除扣稅憑證和進(jìn)項(xiàng)稅計(jì)算方法的特殊規(guī)定外，對(duì)于旅客運(yùn)輸?shù)倪M(jìn)項(xiàng)稅抵扣原則，需要符合現(xiàn)行增值稅進(jìn)項(xiàng)抵扣的基本規(guī)定。比如用于免稅、簡(jiǎn)易計(jì)稅的不得抵扣；用于集體福利、個(gè)人消費(fèi)、非正常損失等情形的不得抵扣等等。
第五，與本單位建立了合法用工關(guān)系的個(gè)人發(fā)生的旅客運(yùn)輸費(fèi)用，屬于可以抵扣的范圍。對(duì)于勞務(wù)派遣的用工形式，勞務(wù)派遣人員發(fā)生的旅客運(yùn)輸費(fèi)用，應(yīng)由用工單位抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額，而不是勞務(wù)派遣單位抵扣。